La última década de la historia riverplatense comenzó con un nuevo bicampeonato. Tras el Apertura de 1999, los Millonarios ganaron el Clausura 2000 con una fecha de anticipación.
El 25 de mayo de 2001 River Plate cumplió cien años de historia y no podía ser de otra manera: los hinchas festejaron bien a lo grande con una “Caravana Monumental” que reunió a más de 40.000 hinchas Millonarios con gente copado entre 24 y 32 cuadras de extensión, caminando a pura fiesta desde el Obelisco hasta el Antonio Vespucio Liberti. Entre las miles de banderas, bengalas, gorros, cantos, etc., transportaron una bandera de mil metros. Una fiesta sin igual, la fiesta del campeón del siglo.
En el Clausura 2002 volvió la alegría. River consiguió una victoria sobre Boca Juniors por 3 a 0 en la Bombonera, donde no ganaba desde hacía ocho años. El equipo que gozaba el fútbol de figuras como Cambiasso, Cavenaghi, Coudet, Ortega, D’ Alessandro, Demichelis y Ayala, entre otros, logró, de la mano de Ramón Díaz y con Ortega como líder indiscutido y referente, el trigésimo título AFA para la Banda.
En el 2003, con Manuel Pellegrini como DT, River Plate se alzó con su trigésimo primer título, al derrotar a Olimpo por 2 a 0 con goles de Zapata y Barrado. El mismo año se produjo el retiro del jugador más ganador en la historia del Club (con diez torneos de la AFA y dos copas internacionales), quien se convertiría en DT al año siguiente: Leonardo Rubén Astrada.
En el 2004 realizó una gran campaña en la que nuevamente se coronó como campeón del fútbol argentino. El partido consagratorio fue ante Atlético Rafaela, en un Monumental colmado por 70.000 hinchas que vieron empate con gol de Gallardo para los de Núñez y bajo la dirección de Astrada.
El último título para los Millonarios fue el Clausura 2008, con Diego Buonanotte como figura clave para lograr la victoria en el penúltimo partido, ante Olimpo, por 2 a 1. En esta oportunidad, el equipo estaba dirigido por Diego Simeone.
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